Оборудование Mikrotik работает под управлением сетевой операционной системы RoutersOS. Исключение составляют некоторые коммутаторы, которые работают под управлением SwOS (более простая сетевая операционная система, управление осуществляется через веб-браузер).
Настройка оборудования, работающего под управлением сетевой операционной системы RouterOS, осуществляется через программу winbox (MS Windows, Android, MacOS), веб-браузер, telnet, ssh.
Из опыта, в том числе информации с разных форумов, настройку оборудования целесообразно производит через приложение winbox (наглядно и удобно для обычных пользователей) или командную строку (больше подходит для специалистов).
Благодаря использованию на всех устройствах Mikrotik единой сетевой операционной системы RouterOS достигается единообразие настройки различных устройств данного производителя. При создании бесшовного Wi-Fi (CapsMAN) можно использовать разное оборудование Mikrotik для построения сети.
Обновить сетевую операционную систему RouterOS можно прямо с самого оборудования (нужен выход в сеть Интернет), можно отдельно скачать файл обновления, поместить на оборудование и при следующей загрузке произойдет автоматическое обновление устройства.